Pracovníci ústavu se účastní práce v dvou- a třístranných oborových komisích: česko-slovenské, česko-rakouské, polsko-české (Polsko-Czeskie Towarzystwo Naukowe), česko-rumunské, česko-slovensko-francouzské a česko-francouzské, které se mj. věnují přípravě mezinárodních setkání.
Na půdě ústavu působí též Český národní komitét historiků, Český národní komitét balkanistů. Ústav je rovněž sídlem Česko-ruské komise historiků a archivářů.
