Nejvýznamnější mezinárodní projekty Historického ústavu, v. v. i.
a) mezinárodní projekty řešené v rámci mezinárodních vědeckých programů, např. v rámci ESF, NATO, EU, SRP, UNESCO.
Occupation in Europe. The Impact of National Socialist an d Fascit Rule
1938-19 4 5, projekt ESF, (P. Vošahlíková).
b) další mezinárodní projekty a spolupráce:
Bibliographie zur Geschichte der Böhmischen Lände
r und der Slowakei -spolupráce bibliografických pracovišť Německa, Polska, Česka, Slovenska, Litvy a Maďarska na mezinárodní databázi Literaturdokumentation zur Geschichte Ostmitteleuropas ( http://www.litdok.de/cgi-bin/litdok?lang=de ). zachycující historickou produkci zemí střední a východní Evropy (V. Horčáková, K. Rexová). European Historical Bibliographies - mezinárodní projekt patnácti historick
ých bibliografií ze třinácti evropských zemí (http://www.histbib.eu/). (V. Horčáková, K. Rexová)
Europäische territoriale Zusammenarbeit Österreich - Tschechische Republik 2007-2013. Evropská územní spolupráce Rakousko - Česká republika 2007-2013. (M. Hlavačka)
O projektu: zde Kompletní dokumentace k projektu: zde
Handbuch zur Religions- und Kirchengeschichte der böhmischen Länder 
im 20. Jahrhundert, mezinárodní projekt Collegia Carolina v Mnichově (J. Šebek).
Anotace:zde; recenze v G2W Nr. 2, 2010: zde
Historický atlas měst ČR, / Historical Town´s Atlas of the Czech Republic
Eva Chodějovská, Eva Semotanová, Robert Šimůnek, Josef Žemlička
Projekt „Historický atlas měst České republiky,“ realizovaný v Historickém ústavu
Akademie věd České republiky, v. v. i. od roku 1994, je součástí evropského projektu historických atlasů k srovnávacím dějinám měst, připravovaných pod záštitou International Commission for Urban History. Projektu se účastní evropské země Velká Británie, Německo, Rakousko, Irsko, Francie, Itálie, Nizozemí, Česká republika, Polsko, Rumunsko, Švýcarsko, Švédsko, Norsko a Finsko. Spolupráce probíhá i v rámci evropských historických atlasů měst Commission internationale pour l´histoire des villes (J. Žemlička, R. Šimůnek, E. Chodějovská).
http://historiaurbium.org/
http://historiaurbium.org/english/atlanti_en.html
http://www.hiu.cas.cz/cs/mapova-sbirka/historicky-atlas-mest-cr.ep/
http://towns.hiu.cas.cz/
Dějiny Kladska jako středoevroského regionu/ Hrabstwo Kłodzkie na tle historii regionu i Europy Środkowej/History of the Central European Region Kladsko
Eva Semotanová
Projekt českopolské spolupráce k dějinám Kladska podpopruje Fundusz Mikroprojektów w Eroregionie Glacensis CZ/PL Cíl 3/Cel 3 2007-2013 „Przekraczamy Granice.“ Řešení se účastní Historický ústav Akademie věd České republiky, Historický ústav Filozofické fakulty Univerzity Hadec Králové a Uniwersytet Wrocławski - Ośrodek Współpracy Polsko-Czesko-Słowackiej pod záštitou Polsko - Czeskiego Towarzystwa Naukowego) http://www.hiu.cas.cz/cs/zahranicni-spoluprace/obecna-charakteristika/polsko-czeskie-towarzystwo-naukowe.ep/
http://www.uni.wroc.pl/struktura-uczelni?j=0634
Christianization and State-Formation in Nothern and Central Europe, c. 900-c. 1
200, mezinárodní interdisciplinární projekt řízený prof. Norou Berendt (Faculty of History, University Cambridge). Účastnické země: Velká Británie, Norsko, Švédsko, Dánsko, Česká republika, Polsko, Maďarsko. Průběžná prezentace výsledků na společných kolokviích, příprava stejnojmenné kolektivní publikace (E. Doležalová, J. Žemlička).
Indulgences in the Later Middle Ages, mezinárodní projekt řízený prof. Roberte
m N. Swansonem (University of Birmingham), česká část projektu - "Indulgences, their Reception and Critique in the Late Medieval Czech Lands" (E. Doležalová, F. Šmahel).
The Rise of Parlamentarismus 1776-1849, edice ústavních dokumentů do roku 
1850, mezinárodní projekt řízený prof. Horst Dippelem (Universität Kassel), příprava dvoudílné edice historických i současných ústav a ústavních projektů vybraných zemí světa (M. Hlavačka).
Regimes of Historicity and Discourses of Modernity and Identity in East-C entral, Southea stern and Northern Europe, 1900-1945, projekt financuje Volkswagen 
Foundation, Fritz Thyssen Foundation (Německo) a Bank of Sweden Tercentary Foundation (Švédsko), koordinátor: Centre for Advanced Study, Sofia (František Šístek).
Religion and Values: Central and Eastern European Research Network, mezinárodní 
projekt financovaný Evropskou komisí, koordinátor: Department for the Study of Religion, Univerzita v Szegedu (František Šístek).
Corpus der Quellen zur Geschichte der Juden im spätmittelalterlichen Reich – mezinárodní projekt vedený prof. Alfredem Haverkampem (Arye Maimon-Institut für Geschichte der Juden, Universität Trier) je zaměřen mj. na zpracování všech dochovaných pramenů k dějinám židovského osídlení v prostoru středověké Říše a jejich zveřejnění na 
internetovém portálu. Na projektu se podílejí vědecké instituce z Německa, Rakouska, Švýcarska, České Republiky a Izraele. Mezinárodní dohoda o spolupráci byla uzavřena mezi Arye Maimon Institut, Historickým ústavem AV ČR a Centrem medievistických studií AV ČR a UK r. 2009 (Eva Doležalová, HÚ AV ČR; Martin Musílek, CMS).