Výzkumný záměr Historického ústavu Akademie věd České republiky, v. v. i., č. AV0 Z80150510, vymezuje hlavní směry a činnosti ústavního kolektivu na léta 2005-2010. Jeho náplní je výzkum dějin Českých zemí v evropském a světovém kontextu a vybrané otázky obecných dějin s důrazem na dějiny střední a východní Evropy a Balkánu, a to především do roku 1945 s aktuálními přesahy. Tato struktura je dána okolnostmi vzniku nynější podoby ústavu, která se vytvořila po začlenění části dřívějšího Ústavu pro dějiny střední a východní Evropy do HÚ při restrukturalizaci Akademie věd v roce 1993. Kromě tematického obohacení o země východní a jihovýchodní Evropy je dědictvím tohoto sloučení také rozšíření chronologického rámce výzkumu za rok 1945, které se týká především této geopolitické oblasti.
Výstupy Výzkumného záměru jsou strukturovány podle tematických, teoretických a metodologických požadavků, které před ústav klade nutnost propojit domácí výzkumné struktury s evropským vědeckým prostorem. Tuto úlohu plní především tematické projekty, jejichž plody v podobě analytických i syntetizujících studií a monografií by měly představovat odpověď na výzvy současných trendů mezinárodní historické vědy a zároveň postupně vyplňovat bílá místa v poznání národní minulosti.
Významnou roli hraje i společenská objednávka vůči historii jako „národní“ vědě, která má plnit řadu občanských, osvětových a identifikačních rolí. Tu ústav plní jednak prací na souhrnných dílech širokého společenského dosahu, která reprezentují stav současného historického poznání, jednak redakčním a textovým zajišťováním dlouhodobých, mnohasvazkových projektů slovníkového, encyklopedického a kartografického charakteru.
Třetím úkolem Historického ústavu je sloužit potřebám české a mezinárodní obce historiků. Tento požadavek ústav plní systematickým vytvářením pramenné dokumentace k českým dějinám v mezinárodním kontextu a jejich publikací v podobě edičních řad nebo jednotlivých vydavatelských počinů, vybavených náležitým odborným edičním aparátem. Službou nejširší odborné veřejnosti je i průběžné vytváření bibliografické databáze k odborné bohemikální produkci českých i zahraničních autorů, která je zpřístupňována v elektronické a konvenční podobě. Ústav se dále podílí na rozvíjení mezinárodní vědecké komunikace vydáváním dvou oborových časopisů více než stoleté tradice a celonárodního významu (Český časopis historický, Slovanský přehled) a sedmi tematicky i chronologicky zaměřených periodik, z nichž jedna vychází ve světových jazycích. V neposlední řadě ústav zprostředkovává výsledky výzkumu široké veřejnosti.