prof. PhDr. Martin Holý, Ph.D.
Oddělení se zabývá výzkumem politických, náboženských, kulturních, intelektuálních a vzdělanostních dějin 16.-18. století s hlavním zaměřením na země České koruny vnímané jako integrální součást habsburské monarchie a středoevropského prostoru. Mimo to jsou některé oblasti výzkumu orientovány na Itálii, Francii a USA. Oddělení rovněž zajišťuje vydávání časopisu Folia Historica Bohemica, jediného domácího specializovaného odborného periodika věnovaného dějinám raného novověku. Členové oddělení vyučují na řadě vysokoškolských pracovišť (FF, FSV a FHS UK v Praze, FF JČU v Českých Budějovicích, FF UPCE, FF UJEP v Ústí nad Labem). Jejich cílem je rovněž popularizace výsledků základního výzkumu, zejména v České televizi a v Českém rozhlase, stejně jako ve formě přednášek pro širší veřejnost či univerzitu třetího věku.
1. Historica Třeboň 1526-1547, 1. svazek vyšel 2011, druhý v roce 2015, třetí je plánován na rok 2020
(garant: Tomáš Sterneck)
2. Consuetudines assistentiae Germaniae, 1. svazek vyšel 2011, 2. vyjde 2019 (garantka: Kateřina Valentová)
3. Acta Unitatis Fratrum, 1. svazek vyšel 2018 (garant: Jiří Just)
4. Epistulae et acta nuntiorum apostolicorum apud imperatorem 1592-1628,
– nunciaturní zprávy Antonia Caetaniho (1607–1611) - svazek 4. vydán v roce 2013; svazek 5. vydán v roce 2017
– nunciaturní zprávy Carla Caraffy (1621–1628) - 1. svazek v přípravě