Vedoucí:Oddělení se zabývá dějinami 16.-18. století s hlavním zaměřením na země Koruny české, pojímané jako integrální součást habsburské monarchie a středoevropského prostoru. Mimo to jsou některé oblasti výzkumu zaměřeny na Francii a USA.
a) výzkum dějin českého státu předbělohorské doby, zaměřený na politické dějiny,
hospodářské otázky (daňová problematika), právní dějiny a dějiny vzdělávání a výchovy; b) výzkum raných forem moderního ústavního systému a formování pluralitní (republikánské)
politické kultury na příkladě vývoje britských kolonií v Severní Americe a vzniku americké
Unie v 18. století;
c) studium habsburské monarchie v epoše osvícenství a jejích vztahů s Francií (poměr mezi
státem a vědou, osvícenské úřednictvo). 3. Ediční činnost oddělení
je soustředěna zejména v Centru raně novověkých studií (společné pracoviště Historického ústavu AV ČR a Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích). Připravuje se edice pramenů Historica Třeboň 1526-1547 v rámci ediční řady Prameny k českým dějinám 16.-18. století / Documenta res gestas Bohemicas saeculorum XVI.-XVIII. illustrantia.